Все можно делать, как здесь:
https://www.ispmanager.ru/docs/ispmanager/razmeshhenie-proektov-nodejs-v-paneli#inst
Если не работает нужно выбрать в Обработчик (Node.js) -> Способ подключения -> Порт
И, если не работает, указать в файле server.js нужный порт.