cp -R /var/www/hsecodes/data/www/site1.com/* /var/www/mycod/data/www/site2.com/
cp -R /var/www/hsecodes/data/www/site1.com/* /var/www/mycod/data/www/site2.com/
Если Вы находитесь в той же папке, что и файл, то: Удалить все файлы из этой папки: Все подпапки и файлы в них: И скрытые файлы: Из другой папки Все