Если вы изменили файлы с помощью «Replace In Path», и хотите чтобы все эти файлы перенеслись на сервер, то нужно внести изменение в любой файл вручную (поставить пробел допустим) и нажать ctrl+s (Сохранить). И этот файл и все сохраненные ранее перенесутся на сервер.
Все это будет если включено в Tools => Deployment => Options следующая настройка:
то есть файлы будут автоматически переносится на сервер при сохранении.