Заходим в Tools => Deployment => Configuration и добавляем FTP (или другой) аккаунт нашего сервера.
Затем нажимаем на наш новый сервер => Mappings и меняем значения Local Path, Deployment Path, Web Path на нужные нам. Модно добавить Excluded Paths.
Там же выбираем нужный сервер и жмем на галочку:
Всё, теперь изменения будут грузится на новый сервер.