Forbidden You don't have permission to access /file/on/the/site on this server. Server unable to read htaccess file, denying access to be safe.
Тут говорится, что сервер не может прочитать файл .htaccess и, для сохранности заблокировал доступ ко всему.
Проблема решаеестся выставлением прав на все файлы и папки сайта:
chmod -R 755 /var/www/site/data/www/site.com
Причем, нужно чтобы Execute был доступен для всех.